Часовня посвящена памяти всех погибших российских моряков-подводников. Внутри деревянной часовни расположены 4 памятные доски с названиями погибших за всю историю российского подводного флота субмарин. Перечень из 115 подлодок завершает АПЛ «Курск».

Инициатива возведения часовни принадлежит подводникам Тихоокеанского флота. С предложением закладки памятного камня в честь подводников на месте будущего строительства православной часовни в городе Сестрорецке и сбора пожертвований на ее строительство выступил капитан 1-го ранга в отставке, ветеран подразделения особого риска, инвалид 1-ой группы Морозов Владимир Борисович, председатель правления региональной общественной организации инвалидов воинской службы «Русь». Владимир Борисович умер 4 апреля 2001 года. Проект часовни разработан молодым архитектором Ильей Надеждиным — это его первая работа. Закладка часовни состоялась 17 сентября 2000 года. Строилась деревянная часовня на пожертвования частных лиц и различных организаций.

К месту постройки часовни привезена земля со всех мест базирования подводных лодок в России и их строительства. Там лежит земля из Оленьей губы, Лиинахамари, Гремихи, Видяево, Сормова, Комсомольска-на-Амуре, Санкт-Петербурга, Северодвинска, Магадана, Рыбачьего (Камчатка), Гаджиева, Кронштадта, Севастополя и из Сан-Диего — места захоронения части экипажа лодки К-129, погибшей в 1968 году в Тихом океане, поднятой американцами.

Освящение небольшой деревянной часовни было проведено 16 сентября 2001 года — в день 287-летия города Сестрорецка. Богослужения в часовне проводятся в дни, связанные с памятными датами Российского флота.